Tüm Ekzom Dizilemenin Zayıf Noktaları

Abstract

Tüm ekzom dizileme (TED), Tıbbi Genetik çalışmalarında patojenik varyant saptama ve ilişkiligen tanımlama amacı ile her geçen gün daha sıklıkla uygulanmaya başlamıştır. Klinik genetiktetanıya olan katkısının olgu gruplarına bağlı olarak %10 ile %60 arasında olduğubildirilmektedir. TED ile mutasyon saptanmamasında biyolojik (dokusal mozaisizm), tekniğindoğal limitler (derin intronik, regülatör ve intergenik bölgelerin kapsanmaması, büyük boyutlutranslokasyon, delesyon ve duplikasyonlar, UPD vd) ve yöntem içerikli sorunlar etkin roloynamaktadır. Bu çalışmada, patojenik varyant saptanmayan TED örneklerindeki olası teknikve yöntemsel kısıtlılıklar, uygulamanın başı olan kütüphane hazırlığından sonuç aşamasınakadar geçen süreç için araştırıldı ve ideal bir algoritma belirlenmeye çalışıldı.En başta gelen sorunlar kapsanmayan ekzonik bölgeler, yetersiz tekrar sayısı, varyant çağırmaparametrelerinin karşılanmaması olarak belirlendi.TED incelemesinde mutasyon saptanmayan örneklerde test verilerinin özellikle bu açılardantekrar değerlendirilmesi önemlidir.