An investigation onthe structural and vibrational spectroscopic data of some biological active dipeptides

Abstract

Bazı biyolojik aktif dipeptidlerin yapısal ve titreşimsel spektroskopik verileri üzerine bir araştırma

Y. Akkaya1, K. Balci1, Y. Goren1 and S.Akyuz2

1İstanbul Üniversitesi, Fen Fakültesi, Fizik Bölümü, Vezneciler, 34134, İstanbul, Türkiye, yaseminb@istanbul.edu.tr

2İstanbul Kültür Üniversitesi, Fen Edebiyat Fakültesi, Fizik Bölümü, İstanbul, Türkiye

Bu çalışmada, bazı histidine dipeptidlerinin (N-β–alanyl-3-methyl-L-histidine ve N-β–alanyl-1-methyl-L-histidine) kararlı konformerleri oda sıcaklığında, DFT-B3LYP metodu kullanarak potansiyel enerji yüzey taraması ve termokimyasal hesaplamalar yoluyla araştırıldı. Elde edilen hesaplama sonuçları, moleküllerin oda sıcaklığında birçok kararlı konformerlere sahip olduğunu doğrulandı. Toplam enerjiler, denge geometrik parametreleri ve belirlenmiş konformerlerin titreşimsel spektral verileri, DFT-B3LYP metodu, 6-31G(d) ve 6-311++G(d,p) Pople stil baz setleri kullanarak hesaplandı. Oda sıcaklığında katı halde bulunan N-β–alanyl-3-methyl-L-histidine ve N-β–alanyl-1-methyl-L-histidine’in karboksil gruplar aracılığıyla güçlü dimer yapılar meydana getirebileceği göz önüne alarak, hesaplamalar aynı konformerlerin en kararlı formları için tekrar edildi ve böylece bileşiğin titreşimsel spektral verileri üzerinde dimerizasyon etkileri belirlendi. Ele alınan moleküllerde, molekül içi yük transferlerini göstermek amacıyla, B3LYP/6-311++G(d,p) teori düzeyinde Mulliken ve NBO tipi population analiz hesaplamaları yapıldı. Hesaplanmış harmonik dalga sayılarını belirlemek için “Ölçekli Kuantum Mekanik Kuvvet Alanı (SQM FF) metodolojisi" ve "Çift ölçekleme yaklaşımı” olarak adlandırılan iki farklı deneysel ölçekleme yaklaşımları birbirinden bağımsız olarak uygulandı. Bu iki yaklaşım içinde elde edilen geliştirilmiş teorik spektral verilerin, birbiriyle ve N-β–alanyl-3-methyl-L-histidine ve N-β–alanyl-1-methyl-L-histidine’nin deneysel IR ve Raman spektrumlarında gözlenen temel badlar için olan işaretlemelerle uyum içinde oldukları gösterildi.