Alzheimer Hastalığı ve Bazal Hücreli Karsinom İle İlişkili Ortak Genlerin Araştırılmasında Biyoinformatik Analizler

Abstract

Amaç:Nörolojik hastalıkların görülme sıklığı ile kanser gelişimi arasında ters bir ilişki olduğu ve Alzheimer hastalarının (AH) kansere yakalanma olasılığının daha düşük olduğu ileri sürülmektedir. Bu ters ilişkinin varlığı özellikle melanom dışı deri kanseri ve AH arasında ortaya konmuştur. Mevcut çalışmada, AH ve bir melanom dışı deri kanseri olan bazal hücreli karsinom (BHK) ile ilis ̧kili gen anlatım verilerini biyoinformatik araçlarla analiz ederek anlatım düzeyi anlamlı ölçüde değişmiş ortak genlerin ve moleküler yolakların belirlenmesi amaçlandı.Gereç ve Yöntem:AH beyin dokusu veri seti (GSE1297) ile BHK veri seti (GSE7553) gen ifade veritabanınından (GEO) indirilerek karşılaştırıldı. Veriler R’nin affy paketi kullanılarak normalize edildi ve limma paketi kullanılarak her bir gruptaki gen anlatım düzeyleri kıyaslandı. Kars ̧ılas ̧tırmaların istatistiksel degˆerlendirilmesinde p<0,01 olan sonuc ̧lar anlamlı kabul edildi. İki hastalık arasında farklılık gösteren genlerin birbiriyle etkileşimleri STRING veritabanı kullanılarak analiz edildi.Bulgular:Biyoinformatik analizler sonucunda AH’de 421, BHK’da 6708 genin anlatımında farklılık olduğu ve bu genlerden 94’nün her iki hastalıkta da ortak olduğu belirlendi. Ortak genlerden 53’ünün anlatımlarının zıt yönde olduğu, 41’nin ise aynı yönde olduğu görüldü. Her iki hastalıkta da farklı anlatım gösteren ortak genlerden üçünde (COL5A2, LDB2, SRD5A2) anlatım farklılığın en fazla olduğu belirlendi. Ortak genlerin belli bir yolakta kümelenmediği ancak hücresel süreçlerde etkin oldugˆu gözlemlendi.Sonuç:Sonuçlar, her iki hastalıkta farklı anlatım gösteren ortak genlerin varlığını ortaya koymuştur. Ancak c ̧alıs ̧manın bulgularının ileri deneysel aras ̧tırmalarla doğrulanması gerekmektedir.