Molecular Characterizations of Sheeppox Virus Strains

Abstract

Sheeppox ve goatpox virusları, koyun ve keçilerde pyrexia, generalize veya lokal çiçek lezyonları ve lymphodenopathy ile karakterize bir enfeksiyondur. Sheeppox virusu, goatpox virusu ve lumpy skin disease virusu Poxviridae ailesindeki Capripoxvirus cinsi içerisinde bulunmaktadır. Bu araştırmada aşı suşu olarak kullanılan Bakırköy suşu ile Kenya0240 suşu arasında ve diğer referans suşlar arasındaki genomik ilişkilerin incelenmesi hedeflendi. Bu genomik ilişkilerin ortaya konulmasında virusun P32 proteinini kodlayan LD116 gen bölgesi ve membran protein genlerinden CD47 gen bölgesi seçildi. DNA dizilimleri ile NCBI Gen bankasından referans gen olarak seçilen sheppox, goatpox ve lumpy skin diseases viruslarının DNA dizilimleri ClustalW analiz yöntemi kullanılarak DNASTAR gen analiz programında nüklotid ve aminoasit farklılıkları analiz edildi. Viruslar arasındaki filogenetik ilişkiler ve benzerlik indeksleri için Neighbor-Joining yöntemi kullanıldı. Her iki gen bölgesinin sekans analizleri sonucunda Bakırköy suşu sadece koyun çiçek viruslarının bulunduğu grupta (Lineage I) bulunurken, Kenya0240 suşu diğer virusların da içerisinde bulunduğu grupta (Lineage II) olduğu saptandı. Potansiyel aşı suşlarının sadece koyun veya keçi çiçeğine değil aynı zamanda sığırların lumpy skin disease virusuna karşı da koruma sağlayacak nitelikte olması, bu hastalığın eradikasyonu için çok önemlidir.