Aziz Sancar Deneysel Tıp Araştırma Enstitüsü

Hücre Serilerinde Kilitli Nükleik Asitler İle MIR223 Gen Sessizleştirmesi

2020-01-01T00:00:00Z

Hücre Serilerinde Kilitli Nükleik Asitler İle MIR223 Gen Sessizleştirmesi Hatırnaz Ng, Özden; Sayitoğlu, Müge Kodlama yapmayan küçük RNA’lar hücre farklılaşması, büyümesi, gelişmesi, immün reaksiyonlar, stres adaptasyonu gibi fizyolojik süreçlerin yanı sıra, kanser, kalp hastalıkları gibi kompleks hastalıklarla da ilişkilendirilmiştir.hematopoetik sisteme özgü bir miRNA’dır. T-hücreli Akut Lenfoblastik Lösemi (T-ALL) patogenezine katkıda bulunan miRNA’lar arasında yüksek anlatıma sahip olduğu ve onkomir olarak aktivite gösterdiği tespit edilmiştir. Bu çalışmada geninin T-ALL hücre serilerinde alternatif bir yaklaşım olarak özgün kilitli nükleik asit (KNA) kullanılarak baskılanması ve gen sessizleştirme etkinliğinin gösterilmesi amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem:Kültüre edilen T-ALL hücre serilerine (Jurkat ve Molt4), 24 ve 48 saatlik sürelerde, 100 ve 150pmol konsantrasyonda MIR223’e özgü KNA uygulanmıştır. Her iki zaman aralığında RNA izolasyonu sonrası, stem loop polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile cDNA sentezlenerek, kantitatif gerçek zamanlı PZR (QRT-PZR) ile miRNA anlatım düzeyleri belirlenmiştir.

Bulgular: Her iki hücre serisinde de 24. saatte, 150pmol KNA, sadece transfeksiyon ajanı uygulanmış (Mock) hücrelerle karşılaştırıldığında MIR223 düzeyinin yüksek oranda baskılandığı gözlenmiştir (Jurkat %73, p=0,001 ve Molt4%80 p=0,04). Molt 4 hücre serisinde anlamlı düzeyde baskılanma 48. saatte devam etse de (p=0,005), Jurkat hücre serisinde 48. saatteki baskılama istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır.

Sonuç: MIR223 onkogenik etki gösteren bir miRNA olarak tanımlanmıştır ve antisens oligolar ile MIR223 geninin sessizleştirilmesi T-ALL gibi artmış MIR223 anlatımı gösteren kanserlerde hastalığın seyrini ve tedavi alternatiflerini araştırma imkanı sağlamaktadır. Bu çalışmada T-ALL hücrelerinde alternatif bir RNA interferans (sessizleştirme) uygulaması olarak KNA kullanılmıştır ve bu moleküllerin çok etkin ancak kısa süreli olarak kullanılabileceği görülmüştür.

Prevalence of factor V Leiden in patients with retinal vein occlusion

1999-01-01T00:00:00Z

Prevalence of factor V Leiden in patients with retinal vein occlusion Sırma Ekmekci, Sema; Ünaltuna, Nihan; Özbek, Uğur; Öngör, Ercan; Kır, Nur; Akarcay, Koray; Demirci, F. Yeşim; Güney, Dilvin Berrak

Analysis of MYH Tyr165Cys and Gly382Asp variants in childhood leukemias

2003-01-01T00:00:00Z

Analysis of MYH Tyr165Cys and Gly382Asp variants in childhood leukemias Sırma Ekmekci, Sema; Özbek, Uğur; Akyerli Boylu, Cemaliye; Aydın, Müge

Lösemi Modelinde Tüm Genom RNA Dizileme Analiz Algoritması Geliştirilmesi

2020-01-01T00:00:00Z

Lösemi Modelinde Tüm Genom RNA Dizileme Analiz Algoritması Geliştirilmesi Sayitoğlu, Müge RNA Dizileme teknolojisi gen anlatım farklılıkları ve kodlayan bölgedeki varyasyonlar, kodlama yapmayan küçük RNAların anlatımları ve gen füzyonlarının belirlenmesi ile bu farklılıkların nedenlerini sunabilmektedir. Ancak bu kadar enformatik bilgiler sunabilen bu teknolojinin analizlerinin yapılması ve yorumlanması oldukça zorludur. T- hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) de prognostik öneme sahip ve hastalığın takibinde kullanılabilecek güvenilir bir genetik belirteç bulunmamakla birlikte, doğrudan tedavi protokolünü ve tedavide yararlanılacak yeni hedef proteinleri belirlemede esas olacak moleküler alt yapı ve sınıflandırma da bilinmemektedir.

Gereç ve Yöntem: Biz de bu çalışmamızda, T-ALL gibi karmaşık bir genomik arka plana sahip lösemi hücrelerinde RNA-dizileme için en uygun enformatik iş akış algoritmasını oluşturmayı amaçladık. Bu çalışmada RNA dizileme ile Jurkat ve Molt 4 hücre hatları dizilenmiştir. Doğrulama ve karşılaştırma amacıyla açık veri bankalarından elde edilen sağlıklı timosit alt grupları ve T-ALL hasta (n=12) örnekleri (GSE48173) kullanılmıştır. Bulgular: Açık erişimli veri araçları ile gerçekleştirdiğimiz enformatik analizlerde doku spesifik alternatif kırpılma ürünlerinin kantitatif tayinini, spesifik gen varyasyonlarını ve global gen anlatım düzeylerini başarılı bir şekilde tespit ettik ve T-ALL hasta verisinde aynı yaklaşımları kullanarak doğrulama yaptık.

Sonuç: Çalışmamızın sonucunda lösemi hastalarının veri analizinde kullanılabilecek uygun araçlar ve algoritma belirlenmiştir.