SCREENING SLC2A1 GENE FOR SEQUENCE AND COPY NUMBER VARIATIONS ASSOCİATED WITH GLUT-1 DEFICIENCY SYNDROME

Abstract

Amac¸: GLUT1 eksikligˆi sendromu (GLUT-1ES) bebeklik c¸agˆında bas¸layan metabolic bir ensefalopati olarak tanımlanmıs¸tır. Kolay- las¸tırılmıs¸ glikoz tas¸ıyıcısı olan GLUT1’i kodlayan SLC2A1 genin- deki de novo patojenik varyasyonlardan kaynaklanır.

Gerec¸ ve Yo¨ntem: Bu c¸alıs¸ma kapsamında, GLUT1-ES klinik s¸u¨phesi olan 12 hastada SLC2A1 genin tu¨m ekzonları Sanger di- zileme method ile taranmıs¸tır. De novo varyantlarının anne baba c¸ocuk u¨c¸lu¨su¨ ac¸ısından uyumlulugˆu Tek Nu¨kleotid Polimorfizmi (SNP) genotiplemesi ile yapılmıs¸tır. Sanger analizinde herhangi bir degˆis¸ikligˆi olmayan hastalarda, gerc¸ek zamanlı kantitatif PZR (PolimerazZincirReaksiyonu) analizi ile kopya sayısı degˆis¸imleri incelenmis¸tir.

Bulgular: Sanger dizileme, biyoinformatik analiz, aile segregas- yonu ve SNP genotipleme yaklas¸ımlarının ardarda uygulanması ile 2 hastada GLUT1-ES fenotipiyle ilis¸kili iki yeni ve de novo pa- tojenik varyasyon tespit edilmis¸tir. Gerc¸ek zamanlı qPZR sonuc¸la- rı ise bir bas¸ka hastada SLC2A1 geninin bir kopya kaybıyla uyumlu bulunmus¸tur. Tespit edilen 3 varyasyonun da SLC2A1 geninin bir allelin fonksiyonunu tamamen ortadan kaldırarak haployeter- sizlik mekanizması ile hastalıgˆa yol ac¸tıgˆı o¨ngo¨ru¨lmu¨s¸tu¨r.

Tartıs¸ma: Bu c¸alıs¸ma ile pek c¸ok farklı moleku¨ler genetic teknik ve analizler kullanılarak GLUT1-ES hastalıgˆında gen seviyesinde- ki olası tu¨m degˆis¸ikliklerin belirlenmesi hedeflenmis¸; klinik tanıya katkı sagˆlanmıs¸tır.

Anahtar Kelimeler: GLUT1 Eksikligˆi Sendromu, SLC2A1, de novo varyasyon, CNV analizi, SNP dizileme