• Türkçe
    • English
  • Türkçe 
    • Türkçe
    • English
  • Giriş
Öğe Göster 
  •   Açık Erişim Ana Sayfası
  • Avesis
  • Dokümanı Olmayanlar
  • Makale
  • Öğe Göster
  •   Açık Erişim Ana Sayfası
  • Avesis
  • Dokümanı Olmayanlar
  • Makale
  • Öğe Göster
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

Development of a SNP panel for predicting biogeographical ancestry and phenotype using massively parallel sequencing

Tarih
2018
Yazar
Filoglu, Gonul
Bulbul, Ozlem
Üst veri
Tüm öğe kaydını göster
Özet
Inferring ancestry and physical characteristics of an unknown individual can contribute to the direction of the investigation and to clarify the event for unknown contributors, cold cases or identification of missing persons and disaster victims. The objective of this study is to develop a custom SNP panel on massively parallel sequencing devices for predicting the biogeographic ancestry and phenotype of an individual. We focused on a two-tier approach to enhance ancestry. Our MPS panel contains two ancestry informative SNP (AISNPs) panels (i.e., Kidd 55 and SWA panel) to differentiate Southwest Asia from Europe and other continental regions. Then we integrated the set of phenotype informative SNPs into a set of AISNPs. The final set of 156 SNPs was evaluated on the following: sensitivity, genotype concordance, mixtures, ancestry assignment, and phenotype prediction. SNP rs6599400 had consistently poor performance and was removed from further analyses. The extreme mixture (1:10) was difficult to interpret for minor contributor. Ancestry assignment and phenotype predictions (for eye, hair and skin) were accurate for samples' population origin. The results show that the developed panel provides high coverage data that can be used for inferring ancestry and predicting eye, hair, and skin color from the intermediate population regions.
Bağlantı
http://hdl.handle.net/20.500.12627/129469
https://doi.org/10.1002/elps.201800243
Koleksiyonlar
  • Makale [92796]

Creative Commons Lisansı

İstanbul Üniversitesi Akademik Arşiv Sistemi (ilgili içerikte aksi belirtilmediği sürece) Creative Commons Alıntı-GayriTicari-Türetilemez 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır.

DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
Atmire NV
 

 


Hakkımızda
Açık Erişim PolitikasıVeri Giriş Rehberleriİletişim
sherpa/romeo
Dergi Adı/ISSN || Yayıncı

Exact phrase only All keywords Any

BaşlıkbaşlayaniçerenISSN

Göz at

Tüm DSpaceBölümler & KoleksiyonlarTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTürlere GöreBu KoleksiyonTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTürlere Göre

Hesabım

GirişKayıt

Creative Commons Lisansı

İstanbul Üniversitesi Akademik Arşiv Sistemi (ilgili içerikte aksi belirtilmediği sürece) Creative Commons Alıntı-GayriTicari-Türetilemez 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır.

DSpace software copyright © 2002-2016  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
Atmire NV