C¸OCUKLUK C¸AGˆI B-ALL HASTALARINDA IKZF1 DELESYONLARININ ARAS¸TIRILMASI
Yazar
ÜNÜVAR, Ayşegül
ERBİLGİN, Yücel
KARAKAŞ, Zeynep
ÖZBEK, Uğur
SAYİTOĞLU, Müge
HATIRNAZ NG, Özden
Firtina, Sinem
Khodzhaev, Khusan
CELKAN, Tiraje
SARPER, NAZAN
ZENGIN, EMINE
AYDOGAN, GONUL
YILDIRMAK, Y.
Üst veri
Tüm öğe kaydını gösterÖzet
Bir transkripsiyon fakto¨ru¨ olan Ikaros, lenfoid gelis¸imde o¨nemli rollere sahip- tir. Ikaros’un klinik o¨nemi ise c¸ocukluk c¸agˆı B-ALL hastalarının %15’inde go¨ru¨lmesi ve IKZF1 delesyonlarının artmıs¸ nu¨ks riski ve kısalmıs¸ sagˆ kalım ile ilis¸kilendirilmesinden ileri gelmektedir. Risk temelli tedavi yaklas¸ımlarının gelis¸tirilmesinde moleku¨ler belirtec¸lerden yararlanılarak tedavilerin daha etkin kullanılması, hastalık tekrarının o¨nlenmesi hedeflenmektedir. Bu dogˆ- rultuda c¸alıs¸mamızda, tanı ve nu¨ks B-ALL o¨rneklerinde IKZF1 geninin hem kopya sayısı degˆis¸imlerini hem de mutasyonlarını tarayarak olası prognostik rolu¨nu¨ incelemek istedik. C¸alıs¸ma, B-ALL tanısı almıs¸, BFM tedavi protokolu¨- ne uygun olarak takip edilen c¸ocukluk c¸agˆı 105 hasta ile gerc¸ekles¸tirilmis¸tir. 78 tanı ve 44 nu¨ks (17 hastanın tanı/nu¨ks es¸lenik) o¨rnegˆinden elde edilen DNA’lar, IKZF1 Δ2-7, Δ4-7 ve Δ4-8 delesyonları ac¸ısından yeni nesil dizile- me (NGS) yo¨ntemi ile dizilenmis¸ (454 GS Junio platform, Roche) ardından IKZF1 geninin tu¨m ekzonları MLPA yo¨ntemi ile taranmıs¸tır (Multiple ligation dependent probe amplification, SALSA kit, MRC Holland). NGS analizlerinde AVA ve GENOMIZE programları, MLPA sonuc¸ları ise Coffalyser v9.4 yazılımı kullanılarak analiz edilmis¸tir. IKZF1 delesyonları tanı B-ALL o¨rneklerinin %13’u¨nde, ilk nu¨ks o¨rneklerinin ise %19’unda tespit edilmis¸tir (Tablo 1). Dominant-negatif IKAROS varyantının ekspresyonuna yol ac¸an Δ4-7 tanı ve nu¨ks anında en sık go¨ru¨len delesyon olmus¸tur. P#15,16,17 kodlu hastalarda tanı anında IKZF1 kopya sayısı degˆis¸imi go¨zlenmezken, nu¨ks anında Δ4-7 delesyonu tespit edilmis¸tir. Bunun yanında P#3 kodlu hasta hem tanı hem de nu¨ks anında Δ4-7 delesyonu tas¸ımaktadır. Δ2-7 delesyonu tanı anında go¨zlenmezken iki nu¨ks o¨rnegˆinde tespit edilmis¸tir. P#12 kodlu hasta Δ2-7 ek olarak ikinci nu¨ksu¨nde Δ4-8 delesyonuda kazanmıs¸tır. Tespit edilen tu¨m delesyonlar hem NGS hem de MLPA yo¨ntemleri ile teyit edilmis¸tir. NGS sonuc¸larına ek olarak, Δ1-6, Δ2-8, Δ2-3, exon1 ve exon3 delesyonu bes¸ farklı hastada belirlenmis¸tir. Kopya sayısı degˆis¸imi belirlenen hic¸ bir hastada, taranan bo¨lgeler ac¸ısından nokta mutasyonu tespit edilmemis¸tir. IKZF1 delesyon varlıgˆının klinik parametreler ile olan ilis¸kisi ve yas¸am ana- lizleri incelendigˆinde istatistiksel olarak bir anlamlılık hesaplanmamıs¸tır.
Literatu¨rde pediatrik B-ALL hastalarında IKZF1 kayıpları %12-15 aralıgˆında rapor edilmektedir. Kohortumuzda, IKZF1 delesyonlarının sıklıgˆı literature parallel olarak %13 olarak belirlenmis¸tir. IKZF1 kayıplarının nu¨ks do¨ne- mi B-ALL o¨rneklerindeki sıklıgˆı konusunda sınırlı sayıda bilgi mevcuttur. C¸alıs¸mamızda, nu¨ks anında tanı hastalarına oranla IKZF1 delesyonlarının daha sık oldugˆunu tespit ettik. Tanı anında var olan IKZF1 delesyonlarını ic¸e- ren klonlar, nu¨ks do¨neminde de su¨reklilik go¨sterirken, tanı anında delesyon tas¸ımayan o¨rneklerin birinci ve ikinci nu¨kslerinde IKZF1 delesyonu ic¸eren yeni klonların gelis¸tigˆi go¨ru¨lmu¨s¸tu¨r. Bo¨ylece IKZF1 delesyonlarının tanı anında ortaya c¸ıkarak erken nu¨kste devamlılık go¨sterebilecegˆinin yanı sıra nu¨ks do¨neminde ikincil bir olay olarak ta kars¸ımıza c¸ıkabilecegˆini go¨stermis¸ olduk. IKZF1 delesyonları literatu¨rde artmıs¸ nu¨ks riski ve du¨s¸u¨k sagˆ kalım ile ilis¸kilendirilmis¸tir. Nu¨ks anında artmıs¸ IKZF1 delesyonlarının varlıgˆı, IKZF1’in tedavi direnci gelis¸tirilmesinde olası katkısını du¨s¸u¨ndu¨rmektedir. Ancak yaptıgˆımız yas¸am analizlerinde sagˆ kalım ve olaysız sagˆ kalım ac¸ısından delesyon tas¸ıyan ve tas¸ımayan hastalar arasında anlamlı farklılık tespit edilmemis¸tir. Bunun nedeni go¨rece c¸alıs¸ılan hasta sayısının azlıgˆından veya erken do¨nemde hastaların kemoterapi direnci dıs¸ındaki sebepler nedeni ile kaybedilmesinden kaynaklanabilir. Bu c¸alıs¸ma, TU¨BI·TAK (Proje no: 114S038) ve I·stanbul U¨niversitesi Bilimsel Aras¸tırmalar Proje Birimi (Proje no: 35624 ve 20520) tarafından desteklenmektedir. IKZF1 NGS plateleri IRONII c¸alıs¸ma konsorsiyumu tarafından dizayn edilmis¸tir.
Anahtar Kelimeler: B-ALL, IKZF1, Yeni Nesil Dizileme, MLPA
Bağlantı
http://hdl.handle.net/20.500.12627/100695http://www.thd.org.tr/thdData/Books/1367/sozel-bildiriler.pdf
Koleksiyonlar
- Bildiri [64839]